การตรวจสอบความหลากหลายพันธุกรรมของชันโรงในจังหวัดนครนายกด้วยเทคนิค HAT-RAPD และการวิเคราะห์ลำดับเบสในยีน 16SrRNA
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
Sirikul Thummajitsakul, Pawinee Detae and Kun Silprasit
รับบทความ: 29 กรกฎาคม 2557; ยอมรับตีพิมพ์: 22 กันยายน 2557
บทคัดย่อ
งานวิจัยนี้เป็นการตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมของชันโรงในพื้นที่จังหวัดนครนายกด้วยวิธี HAT-RAPD และวิเคราะห์ลำดับเบสของยีน 16SrRNA ของชันโรง 6 ชนิด จำนวน 43 ตัวอย่าง ผลการวิเคราะห์ด้วยเทคนิค HAT-RAPD พบว่า Tetragonula pagdeni มีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูงที่สุด โดยมีรูปแบบของ haplotype จำนวน 10 แถบ มี %polymorphic band เท่ากับ 76.92 และ mean of heterozygosity เท่ากับ 0.224±0.056 ในขณะ Tetragonilla collina, Tetragonula sirindhornae, Tetragonula hirashimai, Lisotrigona furva และ Lepidotrigona terminata มีความหลากหลายทางพันธุกรรมในระดับต่ำ จากการวิเคราะห์ AMOVA บ่งชี้ว่าความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างชนิดชันโรงอย่างมีนัยสำคัญ (ΦPT = 0.46, p-value = 0.0001) เมื่อวิเคราะห์ยีน 16SrRNA ของชันโรงแต่ละชนิด พบว่า ประกอบด้วยเบส A และ T ในสัดส่วนที่สูง โดย T. pagdeni มีรูปแบบของ haplotype มากที่สุดถึง 18 แบบ และการวิเคราะห์ลำดับยีนสามารถบ่งบอกความแตกต่างทางพันธุกรรมในระดับสูง ยกเว้น L. terminata โดยให้ค่า haplotype diversity อยู่ในช่วง 0.833 ถึง 1.000 และค่า nucleotide diversity อยู่ในช่วง 0.086 ถึง 0.318 นอกจากนี้ลำดับเบสสามารถบ่งบอกความแตกต่างพันธุกรรมระหว่างชนิดชันโรงแต่ละกลุ่มอย่างมีนัยสำคัญ (chi2= 220.000, p-value = 0.0225)
คำสำคัญ: ความหลากหลายทางพันธุกรรม HAT-RAPD ยีน 16SrRNA ชันโรง
Abstract
The genetic differentiation of stingless bees in Nakorn Nayok was determined by HAT-RAPD and 16SrRNA analysis in 43 individuals. The HAT-RAPD results indicated that Tetragonula pagdeni revealed the highest genetic diversity (10 haplotypes, %polymorphic band = 76.92 and mean of heterozygosity = 0.224±0.056) whereas Tetragonilla collina, T. sirindhornae, Tetragonula hirashimai, Lisotrigona furva and Lepidotrigona terminata showed relatively low HAT-RAPD polymorphisms. Moreover, the AMOVA results indicated that genetic differentiation among six species of stingless bees was statistically significant. (ΦPT = 0.46, p-value = 0.0001). The 16SrRNA analysis showed a high level of A and T components. Among these, T. pagdeni revealed 18 haplotypes. In addition, the 16SrRNA analysis indicated high genetic differentiation in each species, except for L. terminata. There were the values of haplotype diversity and the nucleotide diversity in ranges of 0.833 to 1.000 and 0.086 to 0.318, respectively. The 16SrRNA sequences also revealed that genetic differentiation among six species were statistically significant (chi2= 220.000, p-value = 0.0225).
Keywords: Genetic diversity, HAT-RAPD, 16SrRNA genes, Stingless bees
Downloads
Article Details
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
References
กลุ่มงานข้อมูลสารสนเทศและการสื่อสาร สำนักงานจังหวัดนครนายก. (2557). สภาพภูมิประเทศ. สืบค้นจากเวบไซต์ http://www.nakhonnayok.go.th เมื่อวันที่ 3 กรกฎาคม 2557.
ศิริกุล ธรรมจิตรสกุล ภาวินี ดีแท้ และกัญจน์ ศิลป์ประสิทธิ์. (2557, พฤศจิกายน). ความหลากชนิดและการกระจายของชันโรงพื้นเมืองในจังหวัดนครนายก. การประชุมระดับชาติมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ (หน้า 328-337). กรุงเทพฯ; มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ.
Baitala, T. V., Mangolin, C. A., de Alencar, V., de Toledo, A., and Ruvolo-Takasusuki, M. C. C. (2006). RAPD polymorphism in Tetragonisca angustula (Hymenoptera; Meliponinae, Trigonini) popula-tions. Sociobiology 48(3): 1-13.
Dain, J. L. (1991). Seringueiros and stingless bees: a study of change in the Brazilian Amazon. Florida, USA: Department of Anthropology, University of Florida.
Foster, G. M. (1942). Indigenous apiculture among the Popoluca of Veracruz. American Anthropologist 44:538-542.
Harry, M., Robin, S., and Lachaise, D. (1998). Use of polymorphic genetic markers (RAPDs) in evolutionary and applied entomology. Annales de la Societe Entomologique de France 34: 9-32.
Heard, T. (1999). The role of stingless bees in crop pollin-ation. Annual Review of Entomology 44: 183-206.
Klakasikorn, A., Wongsiri, S., Deowanish S., and Duang-phakdee, O. (2005). New record of stingless bees (Meliponini: Trigona) in Thailand. Natural History Journal of Chulalongkorn University 5: 1-7.
Librado, P., and Rozas, J. (2009). DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics 25: 1451-1452.
Michener, C.D. (2000). The Bees of the World. Baltimore, USA: Johns Hopkins University.
Michener, C.D. (2007). The Bees of the World. 2nd ed. USA: The Johns Hopkins University Press.
Oliveira, R. C., Nunes, F. M. F., Campos, A. P. S., Vas-concelos, S. M, Roubik, D., Goulart, L. R., and Kerr, W. E. (2004). Genetic divergence in Tetragonisca angustula Latreille, (Hymeno-ptera, Meliponinae, Trigonini) based on RAPD markers. Genetics and Molecular Biology 27: 181-186.
Peakall, R., and Smouse, P. E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics 28: 2537-2539.
Roubik, D. W. (1989). Ecology and natural history of tropical bees. New York: Cambridge University.
Ruangsuttapha, S., Eimert, K., Schröder, M. B., Silayoi, B., Denduangboripant, J., and Kanchanapoom, K. (2007). Molecular phylogeny of banana cultivars from Thailand based on HAT-RAPD markers. Genetic Resources and Crop Evolution 54: 1565-1572.
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., and Kumar, S. (2013). MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution 30: 2725-2729.
Thummajitsakul, S., Klinbunga, S., Smith, D., and Sittipraneed, S. (2008). Genetic diversity and population structure of Trigona pagdeni Schwarz in Thailand. Apidologie 39: 446-455.
Thummajitsakul, S., Silprasit K., Sittipraneed, S., and Klinbunga, S. (2013). The partial mitochondrial sequence of the old World stingless bee, Tetragonula pagdeni. Journal of Genetics 92: 1-5.
Thummajitsakul, S., Sittipraneed, S., and Klinbunga, S. (2011). Genetic differentiation of the stingless bee (Tetragonula pagdeni) in Thailand using SSCP analysis of a large subunit of mitochondrial ribosomal DNA. Biochemical Genetics 49: 499-510.
Waldschmidt, A. M., Marco-Junior, P., Barros, E. G., and Campos, L. A. O. (2002). Genetic analysis of Melipona quadrifasciata Lep. (Hymeno-ptera: Apidae, Meliponinae) with RAPD markers. Brazilian Journal of Biology 62: 923-928.