การตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมของ Stachytarpheta jamaicensis (L.) Vahl โดยใช้เทคนิค High Annealing Temperature - RAPD (HAT-RAPD) Genetic Polymorphisms of Stachytarpheta jamaicensis (L.) Vahl based on a High Annealing Temperature RAPD (HAT-RAPD)

Authors

  • ศิริกุล ธรรมจิตรสกุล Faculty of Health Science, Srinakharinwirot University
  • ภาวินี ดีแท้ Food Technology Program, Mahidol University, Kanchanaburi Campus
  • กัญจน์ ศิลป์ประสิทธิ์ Faculty of Environmental Culture and Ecotourism, Srinakharinwirot University

Keywords:

ความหลากหลายทางพันธุกรรม Genetic polymorphisms Stachytarpheta jamaicensis (L.) Vahl HAT-RAPD

Abstract

การตรวจสอบรูปแบบพันธุกรรมของ Stachytarpheta jamaicensis ด้วยเทคนิค HAT-RAPD  ให้ความหลากหลายของแถบดีเอ็นเอ (polymorphic band) จํานวน 17 แถบ ซึ่งมีขนาด 300 ถึง 1,500 bp  และให้รูปแบบ haplotype จำนวน 19 แบบ เมื่อวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของ S. jamaicensis พบว่า กลุ่มประชากร S. jamaicensis ในจังหวัดนครนายก มีค่า % polymorphic band และ expected heterozygosity มากที่สุด (P =  64.71%  และ He = 0.224) รองลงมากลุ่มประชากรในจังหวัดสระแก้ว (P =  29.41% และ He = 0.080) และกลุ่มประชากรในจังหวัดหนองคาย (P = 17.65  %  และ He = 0.066)  นอกจากนั้นสายสัมพันธ์วิวัฒนาการ Neighbor-joining trees ที่วิเคราะห์จาก Nei’s genetic distance สามารถแบ่ง S. jamaicensis เป็น 2 กลุ่ม ได้แก่ กลุ่มประชากร ในจังหวัดนครนายกและปทุมธานี และกลุ่มประชากรในจังหวัดสระแก้วและหนองคาย ผลการวิเคราะห์ AMOVA ยืนยันการมีโครงสร้างพันธุกรรมภายในชนิด S. jamaicensis ที่ใช้ในการศึกษา และยังแสดงความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างกลุ่มประชากรในจังหวัดนครนายกและปทุมธานี และกลุ่มประชากรในจังหวัดสระแก้วและหนองคาย (ΦRT = 0.248)   ความแตกต่างระหว่างประชากรทั้ง 4 กลุ่ม  (ΦPR = 0.493) และระหว่างตัวอย่างภายในกลุ่มประชากร (ΦPT = 0.619)The genetic patterns of   Stachytarpheta jamaicensis were determined by using HAT-RAPD markers. Seventeen polymorphic HAT-RAPD markers showed a length from 300 to 1,500 bp, and nineteen haplotypes were obtained. The genetic diversity of S. jamaicensis was indicated  by the percentages of polymorphic bands and the values of expected heterozygosity showing the greatest in Nakorn Nayok populations (P =  64.71% and He = 0.224), and the lowest in other populations (P =  11.76% and He = 0.048  for Pathum Thani, P =  29.41% and He = 0.080 for Srakaew, P = 17.65  %, and He = 0.066 for Nong Khai).  The Neighbor-joining tree from Nei’s genetic distances demonstrated two groups of S. jamaicensis, one consisted of  Nakorn Nayok and Pathum Thani populations  and other consisted of  Srakaew  and Nong Khai populations. The AMOVA result confirmed the existence of intra-specific genetic structure in S. jamaicensis populations used in this study. Moreover, the genetic differentiations were significantly found between the two geographic regions:  Nakorn Nayok and Pathum Thani  group and  Srakaew  and Nong Khai group (ΦRT = 0.248), among populations (ΦPR = 0.493) and among individuals within populations (ΦPT = 0.619).

Downloads

Download data is not yet available.

Downloads

Published

2014-12-24